Les Maisons transfrontalières européennes de l'arc lémanique sont financées en grande partie par le Groupement transfrontalier européen. Le GTE est en effet le créateur français de la Maison transfrontalière et met à la disposition des Maisons transfrontalières, ses locaux, son matériel et son personnel. Le Groupement transfrontalier européen apporte également des financements aux Maisons transfrontalières.

Le Conseil régional Rhône-Alpes subventionne les Maisons transfrontalières de l'Arc lémanique, pour la 4^ème année consécutive. Cette aide financière permet d'assurer le fonctionnement quotidien de la Maison d'assurer.

Plusieurs structures : MMA, le Crédit Agricole des Savoies, les Rentes Genevoises, la Banque Populaire des Alpes (Sofronta) et le Crédit Mutuel apportent un soutien financier à la Maison transfrontalière, afin d'organiser des conférences et des réunions sur un thème transfrontalier.

Le SIMBAL et la Communauté de communes du Pays de Gex subventionnent les Kits d'accueil du transfrontalier. Ces Kits sont distribuées aux personnes nouvellement installées dans la région frontalière. Ils contiennent de la documentation sur les conditions de vie et de travail en France et en Suisse.