Les Maisons transfrontalières européennes de l'arc lémanique sont financées en grande partie par le Groupement transfrontalier européen. Le GTE est en effet le créateur français de la Maison transfrontalière et met à la disposition des Maisons transfrontalières, ses locaux, son matériel et son personnel. Le Groupement transfrontalier européen apporte également des financements aux Maisons transfrontalières.

Le Conseil régional Rhône-Alpes subventionne les Maisons transfrontalières de l'Arc lémanique. Cette aide financière permet d'assurer le fonctionnement quotidien des Maisons transfrontalières.

Plusieurs structures : MMA, le Crédit Agricole des Savoies, les Rentes Genevoises, la Banque Populaire des Alpes (Sofronta) et le Crédit Mutuel apportent un soutien financier à la Maison transfrontalière, afin d'organiser des conférences et des réunions sur un thème transfrontalier.