La Maison transfrontalière européenne de l'arc jurassien est financée en partie par
le Groupement transfrontalier européen. Le GTE est en effet le créateur français de la Maison transfrontalière et met à sa disposition ses locaux, son matériel et son personnel. Le Groupement transfrontalier européen apporte également des financements aux Maisons transfrontalières.